Completamente scavato nel tufo; l’identificazione trova conferma nelle caratteristiche strutturali della chiesa, che somigliano a quelle dei luoghi dedicati al dio Mitra. L’attuale vestibolo era separato dal resto della chiesa e costituiva probabilmente, una cappella annessa; qui si conservano gli affreschi più significativi, ascrivibili al XIV sec, raffiguranti: la Madonna col Bambino tra San Michele e San Giacomo maggiore (San Giacomo di Compostela), San Cristoforo con Gesù Bambino e la Teoria dei pellegrini e la leggenda della fondazione del santuario di San Michele sul monte Gargano. L’area di culto vera e propria è suddivisa in tre navate da due file di pilastri quadrangolari. La navata centrale conserva ancora una piccola porzione della pavimentazione originale, in coccio pesto.